ويهدف المركز إلى إكثار السلالات المحلية والتوسع في زراعتها واستخدامها كمصدر جيني حيوي ومستدام لرفد الأمداد بالأصناف المقاومة والمنتجة، من أجل الصمود أطول فترة ممكنة وتجنب حدوث مجاعات ولمواجهة أي انقطاع بسلاسل التوريد لمدد طويلة بسبب جائحة وبائية أو ظرف طارىء خارجي في مكان ما وتقليل الاعتماد قدر الإمكان على البذور المستوردة "الهجينة" وذلك باستغلال الموارد المتأقلمة ضمن برامج التحسين الوراثي، لإنتاج أصناف أكثر ملاءمة للظروف المحلية، وبالتالي تقليل من نهج الإعتماد الدائم على المستورد.

كما تتمتع السلالات المحلية الأصلية في الأردن وفي منطقة الهلال الخصيب عموما، وعبر جيناتها المتأقلمة طبيعيا، وتطورها الطبيعي أو بفعل الإنتخاب الإنساني الطبيعي من المزارع المحلي عبر قرون من الزمان، وتتميز بالمقاومة للآفات وتحملها للجفاف وشح المياه وبالتالي يجب المحافظة عليها تطويرها وإكثارها كاستجابة لتحديات نقص المياه والتغير المناخي وهو هدف استراتيجي آخر بالغ الأهمية.

يذكر، أن دور المركز، يتمثل بالنهوض بالقطاع الزراعي على الصعيدين المحلي والدولي، ويعتبر مؤسسة بحثية زراعية نموذجية في التطور والتحديث ومواكبة التطورات العلمية ما جعله نموذجا ومنارة يحتذى به.