اعترفت شركة مناجم الفوسفات الأردنية المساهمة العامة في بند الإيضاحات حول القوائم المالية المرحلية بوجود قضايا مقامة ضد المجموعة والتي كشفت عنها في البيانات المالية المنشورة والمفصح عنها وهذه القضايا مقامة على الشركة من قبل الغير والتي يبلغ عددها أكثر من عشرين قضية بعشرات الملايين من الدنانيير والتي ننشرها كما ذكرت في البيانات دون زيادة او نقصان وكما وردت في التقرير .

قامت الشركة خلال عام 1999 بمصادرة كفالات لشركة (KHD) الألمانية المقاول الرئيسي لمشروع أجهزة التعويم ورفع النسبة في منجم الشيدية – المرحلة الأولى ، نتيجة لعدم التزام شركة (KHD) بشروط الاتفاقية . هذا وقد قامت شركة (KHD) خلال شهر كانون الثاني 2000 برفع دعوى ضد الشركة لمنع مطالبتها بقيمة الكفالات ، وعلى أثر ذلك قدمت الشركة ادعاءً متقابلاً خلال شهر شباط 2000 في الدعوى التي أقامتها شركة (KHD) أمام محكمة بداية عمان كما باشرت شركة (KHD) خلال شهر آذار 2000 بإجراءات التحكيم أمام غرفة التجارة الدولية بباريس ، وبذلك تكون المحاكم الأردنية هي الجهة القضائية المختصة للنظر في الخلاف القائم فيما بين شركة مناجم الفوسفات وشركة (KHD) الألمانية ولا تزال القضية منظورة أمام المحاكم الأردنية .

أقامت شركة (KHD) خلال شهر تشرين الأول 2004 دعوى قضائية ضد شركة مناجم الفوسفات ، ادعت فيها باستحقاقها لمبالغ عديدة من شركة مناجم الفوسفات ترتبت بموجب العقد الذي أبرم فيما بين الطرفين لإنشاء مشروع أجهزة التعويم ورفع النسبة في منجم الشيدية .

بلغ مجموع قيمة المطالبات المتعلقة بهذه الدعاوى 12،564 ألف دينار ، وقد قامت الشركة بتقديم لائحة ادعاء متقابل تضمن مطالبات عديدة لشركة مناجم الفوسفات بلغ مجموعها 27،659 ألف دينار وهي عبارة عن التكاليف التي تكبدتها شركة مناجم الفوسفات في سبيل إصلاح الأخطاء التي قامت بها شركة (KHD) عند إنشاءها للمشروع .

قامت الشركة خلال شهر آب 2017 برفع دعوى قضائية ضد شركة مناجم لتطوير التعدين (شركة حليفة) لمطالبتها بمبلغ 99،046 ألف دينار جراء الإخلال بتنفيذ عقد تعدين الفوسفات (إزالة الردم والردم البيئي وتعدين وكربلة الفوسفات ( A1 ، A2 ، A3 ) في المنطقة رقم "1" / منجم رقم "2" الشمالي في منطقة الشيدية ) بالإضافة إلى التعويض عن الضرر الذي لحق بشركة مناجم الفوسفات الأردنية جراء إخلال شركة مناجم لتطوير التعدين التعاقدي كما يتم تقديره بالخبرة الفنية . والدعوى ما زالت منظورة لدى محكمة التمييز .

قامت شركة مناجم لتطوير التعدين بتقديم دعوى قضائية ضد شركة مناجم الفوسفات الأردنية خلال شهر تشرين الثاني 2017 مطالبة فيها بالتعويض عن العطل والضرر الناجم عن إيقاف العقد والشرط الجزائي مقدرة بمبلغ 91،461 ألف دينار ويمثل 20% من كامل قيمة عقد التعدين والذي يقدر بمبلغ 457،306 ألف دينار ، قررت المحكمة خلال عام 2018 إجراء الخبرة المطلوبة وحساب قيمة ال 20% من قيمة العقد وقررت تعيين خبير ودعوته لابلاغه المهمة الموكلة له وحسب قرار المحكمة الصادر خلال شهر كانون الثاني 2020 فقد تم رد الدعوى ، قامت شركة مناجم لتطوير التعدين بالطعن بالقرار لدى محكمة الاستئناف والدعوة ما زالت ضمن قلم المحكمة .

أقامت شركة مناجم لتطوير التعدين خلال شهر تشرين الثاني 2017 برفع دعوى قضائية ضد شركة مناجم الفوسفات ادعت فيها باستحقاقها لمبالغ عديدة من شركة مناجم الفوسفات ترتبت بموجب عقد تعدين فوسفات ( إزالة الردم والردم البيني وتعدين وكربلة الفوسفات ( A1 ، A2 ، A3 ) في المنطقة رقم (1) / منجم رقم (2) الشمالي في منجم الشيدية ) بمبلغ 15،533 ألف دينار والدعوى ما زالت منظورة لدى محكمة بداية حقوق عمان .

هناك دعوى تحكيمية مسجلة لدى محكم التحكيم الدولية ما بين شركة مناجم الفوسفات وشركة مجموعة الموقع للخدمات وحفر الآبار ذ.م.م ، حيث تقدمت شركة مجموعة الموقع بادعائها الذي يمثل باقي مستحقاتها بموجب عقد إنشاء مشروع الآبار بقيمة 1،494 ألف دينار ، تقدمت شركة مناجم الفوسفات بتاريخ 22أيلول 2017 بادعائها المتقابل بدل أعمال غير منجزة والبالغ 6،212 ألف دينار .

قامت الشركة خلال شهر أيلول 2019 برفع دعوى قضائية ضد شركة أركان للمقاولات الإنشائية والتعهدات التعدينية (شركة حليفة) لمطالبتها بمبلغ 5،718 ألف دينار جراء عدم تسديد رصيد التسوية النهائية لعقد إزالة الردم البيني وتعدين الفوسفات (A1،A2) في منطقة قواطع الغارفات (DL1،DL2،DL3،DL4) في منجم الشيدية بالاضافة إلى الفائدة القانونية والرسوم والنفقات . الدعوى ما زالت منظورة لدى محكمة بداية حقوق عمان .