وبحسب الجمارك فهناك عدة أقسام ترفيق تابعة للمديرية تتمثل في قسم ترفيق عمان، قسم ترفيق معان، قسم ترفيق العقبة، قسم ترفيق جابر، قسم ترفيق الأزرق بالإضافة إلى وجود أربع أقسام تتبع وهي كالتالي قسم تتبع عمان، قسم تتبع العقبة، قسم تتبع الحرة الزرقاء، قسم تتبع العمري.

وبدأت مديرية الترفيق والتتبع الإلكتروني في دائرة الجمارك الأردنية عملها في شهر آب/ أغسطس لعام 2007، واقتصرت أبرز مهام المديرية حينها على حراسة القوافل المارة عبر طرق الترانزيت من لحظة دخولها إلى المملكة ولغاية خروجها، ومع عمليات التطوير المستمرة والجهود المتواصلة تم إنشاء نظام تتبع إلكتروني عبر الأقمار الصناعية يعمل على مدار الساعة، إضافةً للترفيق عن طريق القوافل الإلكترونية، والذي يسهم بتسهيل وانسياب حركة مرور تجارة الترانزيت عبر المملكة، حيث بلغ مجموع المواقع العاملة بالنظام الخاص بالتتبع الالكتروني (79) موقعاً في جميع انحاء المملكة.

وتعمل المديرية على مدار 24 ساعة من خلال غرفة العمليات والسيطرة والتي تتم بوجود فريق يضم فني لمتابعة الإنذارات وضابط للجودة وضابط خاص للتأكد من متابعة الشاحنات ضمن القافلة الإلكترونية، ويتم استلام طلب القافلة والتأكد من اتصال الدورية الرئيسية بالأقمار الصناعية، وفي حال عدم اتصال الدورية يتم الايعاز باستبدالها من إداري قسم الترفيق المعني، والتأكد من مطابقة أعداد الشاحنات المراد ترفيقها مع الشاحنات المستلمة إلكترونيًا من الدرويات، والموافقة على طلب القافلة الإلكترونية بعد استكمال الشروط، ومتابعة حركة مسير الشاحنات المرفقة ضمن القافلة الإلكترونية، وكل هذه الاجراءات تهدف لتحقيق احدى اهداف الدائرة الاستراتيجية مكافحة الأنشطة التجارية غير المشروعة.