وعمل حامد جوهر بالمجال الأكاديمي، حيث تخصص في مجال علوم البحار، وتولى إدارة محطة الأحياء البحرية في الغردقة لمدة 40 عاما، كما كان أول رئيس لجمعية علم الحيوان في مصر، كما أنشأ المتحف البحري في مصر، والذي يضم مجموعة كبيرة من الحيوانات والنباتات المختلفة من البحر الأحمر.

وشغل الدكتور حامد جوهر منصب المستشار الخاص بالعلوم التكنولوجية بجامعة الدول العربية عام 1970، بالإضافة إلى عضوية مجمع اللغة العربية بالقاهرة عام 1973، حيث شارك في المعاجم العلمية العربية التي أصدرها المجمع، وأبرزها معجم البيولوجيا في علوم الأحياء والزراعة، والذي استغرق إعداده 8 سنوات.

وحصل الدكتور حامد جوهر على جائزة الدولة التقديرية علم 1974 في العلوم، بالإضافة إلى وسام الاستحقاق من الطبقة الأولى عام 1975، كما كان مستشارا للسكرتير العام للأمم المتحدة لتنظيم المؤتمر الدولي لاتفاقية الأمم المتحدة لقانون البحار في جنيف سنة 1958.

كما اختارته الوكالة الدولية للطاقة الذرية عام 1959 رئيسا للجنة التخلص من النفايات النووية في أعماق البحار، كما شغل الدكتور حامد جوهر، عضوية اللجنة الاستشارية لمنظمة الأغذية والزراعة "فاو" التابعة للأمم المتحدة.